La Foire du livre et Batibouw furent deux événements probablement facteurs importants de diffusion. © BELGAIMAGE

Le virus est, d’abord, passé inaperçu: est-il apparu avant le 1er mars en Belgique?

Soraya Ghali
Soraya Ghali Journaliste au Vif

Des chercheurs essaient de retracer l’introduction du coronavirus en Belgique. Une méthode qui suggère une apparition des premiers cas de Covid-19 avant le 1er mars.

Le premier cas officiel remonte au dimanche 1er mars. Une Anversoise rentrée d’une zone à risque, dans le nord de la France, le mercredi 26 février, alors que la Belgique ignorait encore ce qui l’attendait. Elle a de la fièvre, un mal de gorge et des douleurs au thorax. Quatre jours plus tard, elle est conduite à l’hôpital universitaire d’Anvers… Quatre semaines plus tôt, le dimanche 2 février, le pays avait pourtant recensé son premier Covid-19, un homme rapatrié de Wuhan, directement hospitalisé, avec toutes les précautions d’usage, à l’hôpital Saint-Pierre. Un cas  » importé  » qui n’inquiète personne. Mais, à l’inverse de ce premier patient, la femme n’a pas été placée en quarantaine et a continué à fréquenter d’autres personnes, avant d’être diagnostiquée. Aussitôt, l’agence flamande de la santé remonte la piste de ses contacts. Ceux-là sont isolés et testés  » si nécessaire « ,  » à la moindre indication d’une infection « , selon les autorités sanitaires.

Sur les près de 400 échantillons analysés, nous avons identifié au moins 160 introductions différentes du virus.

Le dimanche 1er mars, la Belgique décide de se placer en phase 2. A ce stade, les personnes  » ne présentant aucun symptôme peuvent poursuivre librement leur activité « , indique le communiqué de presse de la Première ministre. A l’époque, tout le monde écarte encore trop vite le cas des porteurs asymptomatiques. Peu de personnes ont d’ailleurs accès aux tests. Les critères de dépistage sont stricts : il fallait être symptomatique et revenir de la province de Hubei, foyer originel de la pandémie, puis de Chine et, plus tard, d’Italie.

En réalité, les infections au Covid-19 sur le territoire belge pourraient s’être déclarées plus tôt. Le Sras-CoV-2 aurait déjà été présent, silencieusement, de façon inaperçue, bien avant la trêve de carnaval.  » Les cas n’ont pas été repérés, parce qu’ils n’étaient pas recherchés ni testés, explique Jean-Luc Gala, professeur à la faculté de médecine de l’UCLouvain et chef de clinique aux Cliniques universitaires Saint-Luc. Mais ils sont aussi passés sous le radar des structures hospitalières, parce qu’ils n’ont pas développé une forme grave nécessitant de se rendre à l’hôpital.  » D’autant que les médecins généralistes ont pu attribuer leurs plaintes à un syndrome grippal. La grippe est arrivée chez nous aux alentours du 18 décembre, avec un pic à partir du 20 janvier.  » Le virus a circulé à bas bruit, chez des sujets asymptomatiques ou très peu symptomatiques « , complète Philippe Devos, médecin anesthésiste et chef des soins intensifs au CHC de Liège, par ailleurs président de l’Association belge des syndicats médicaux (Absym). Quel rôle, alors, attribuer à ces patients précoces pré-épidémiques ?  » Ce sont des personnes jeunes, du moins en âge de travailler, mais qui ont très peu transmis le virus. Cela signifie qu’elles n’ont pas déclenché l’épidémie en Belgique.  »

Le pathogène, en effet, se transmet essentiellement de personne à personne, mais assez lentement. Rien à voir avec un événement propagateur localisé (un spot spreading event, dans le lexique scientifique). C’est ce qu’on a vu à Milan, avec le match de la Ligue des champions opposant l’Atalanta Bergame et Valence, le 19 février, qui a pu être l’accélérateur de l’épidémie en Italie. Le 24 février, l’Italie du Nord entre en quarantaine. A la même période, en Belgique, des experts, dont Philippe Devos, s’interrogeaient déjà sur le maintien de la Foire du livre (du 5 au 8 mars) et du salon Batibouw (du 27 février au 7 mars). A-t-on eu tort ? Ces deux événements furent aussi probablement un facteur important de diffusion.

En outre, le taux de reproduction du virus, son R0 qui indique combien de personnes peuvent être infectées par un porteur, reste une moyenne, soumis à des variations individuelles. Quiconque n’a aucun symptôme possède également un potentiel de transmission bien moins important qu’un malade qui tousse ou éternue. Ainsi, il est fort probable qu’en Belgique, des chaînes de contamination anciennes se soient arrêtées d’elles-mêmes, alors qu’on ne parlait pas encore d’épidémie, car le R0 du contaminé était inférieur à 1.

Pas de cluster unique, pas de patient zéro

Autre élément majeur à considérer : le phénomène d’intensité d’introduction du virus. C’est ce qu’a notamment analysé Simon Dellicour, chercheur en épidémiologie moléculaire et spatiale à l’ULB, en étudiant l’introduction du virus en Belgique et sa circulation dans le temps. Les premières conclusions viennent d’être publiées dans un préprint (c’est-à-dire sans examen ni validation par des pairs) posté le 9 mai sur le site bioRxiv.

Concrètement, à partir du séquençage complet de près de 400 souches virales (prélevées sur des patients testés positifs et pour lesquels il existe des données géographiques ainsi que la date du diagnostic), l’expert a reconstruit un arbre phylogénétique, en prenant également en compte les séquences génétiques déposées par d’autres équipes de recherche sur la plateforme Gisaid, qui sert de base de données mondiale. Cet arbre phylogénétique a des  » feuilles « , qui sont les génomes séquencés, des rameaux, puis des branches plus ou moins regroupées, plus ou moins longues, selon qu’elles correspondent à un petit ou grand nombre de mutations.

Son étude écarte d’emblée l’idée d’un patient zéro, à l’origine de tous les cas. Il saute ainsi aux yeux que les contaminations en Belgique ont eu plusieurs origines.  » Sur les près de 400 échantillons analysés, nous avons identifié au moins 160 introductions différentes du virus, explique Simon Dellicour. Notre analyse montre que l’arrivée sur notre territoire de sujets contaminés a contribué à l’établissement de plusieurs chaînes de transmission.  » En clair, le virus a emprunté de multiples chemins pour entrer en Belgique. Ce qui signifie qu' » étant donné le nombre élevé d’événements d’introduction, le virus n’a pas été importé par un nombre restreint de vacanciers infectés rentrant des sports d’hiver en Italie du Nord « . De quels autres pays proviennent les autres souches ? A ce stade, l’analyse ne permet d’être précis sur l’origine de chaque introduction et de désigner les pays – Chine, Italie, voire limitrophes de la Belgique, comme le sud des Pays-Bas – dans lesquels une contamination de ressortissants belges aurait pu avoir lieu. Et pour cause : les chercheurs ne disposent pas encore d’assez de données en provenance de certains pays d’Europe, ce qui complique l’analyse de l’origine des introductions sur le territoire belge.

Le 1er mars, une Anversoise rentrée d'une zone à risque est conduite à l'hôpital universitaire d'Anvers.
Le 1er mars, une Anversoise rentrée d’une zone à risque est conduite à l’hôpital universitaire d’Anvers.© BELGAIMAGE

Cependant, les données amènent le chercheur à penser que le Sras-CoV-2 (virus responsable du Covid-19) circulait  » très probablement déjà avant les retours des vacances de carnaval ou, en tout cas, avant le 1er mars, considéré comme le point principal d’entrée du virus « . Depuis quand, alors ? Dans La Libre du 19 mai, Raphaël Lagasse, médecin épidémiologiste, professeur à l’Ecole de santé publique de l’ULB, évoquait une circulation du Sras-CoV-2 remontant  » très probablement à la deuxième quinzaine de janvier « . Simon Dellicour, lui, reste prudent quant à la datation des événements d’introduction. Cette datation est basée sur l’estimation d’une  » horloge moléculaire «  permettant en quelque sorte de remonter dans le temps. Cette horloge moléculaire peut être obtenue en analysant la vitesse d’accumulation de nouvelles mutations dans le génome des virus échantillonnés. Pour le Sras-CoV-2, ce taux de mutation n’est pas particulièrement élevé comparé à d’autres virus, ce qui rend l’estimation datée fragile.  » Comme le virus mute peu, cela rend le calibrage de l’horloge moléculaire plus complexe que pour d’autres virus, souligne Simon Dellicour. Il y a très vraisemblablement eu plusieurs événements d’introduction avant le 1er mars, mais leur datation précise reste compliquée, d’autant plus que nous ne travaillons que sur un échantillon des lignées génétiques du virus circulant en Belgique.  »

Une certitude : à cette époque, la maladie était discrète, et il faut retrouver dans un simple rhume passé, une grippe oubliée, tout ce qui pourrait ressembler à un symptôme du Covid-19. Relire et réobserver les dossiers des patients passés par l’hôpital, parce qu’atteints d’une pneumonie sévère ou d’une anosmie (une perte totale d’odorat), et voir si certains correspondent au tableau clinique typique de celui du virus. L’hypothèse est dans les esprits, mais aucune recherche générale pour la confirmer n’est entamée, pour l’instant, au sein des hôpitaux. Mais des équipes s’interrogent. Ainsi celle du professeur Jean-Luc Gala examine un cas datant de la fin du mois de janvier, un homme de retour de Thaïlande et qui présentait des symptômes  » bizarres « . Des analyses en cours doivent déterminer s’il était alors porteur du virus.  » Si cette recherche devait être généralisée dans les services de réanimation et d’infectiologie, rien n’exclut que l’on trouve d’autres cas dans quelques semaines « , affirme le spécialiste.

Même réflexion en cours chez les généralistes. Le docteur Paul De Munck, président du Groupement belge des omnipraticiens, rapporte l’exemple d’une maison médicale, dans la province de Liège, qui note, à présent, un surnombre anormal de grippes durant la période saisonnière, bien avant le mois de mars.  » Des échos identiques me parviennent d’un peu partout sur le terrain, avance le médecin généraliste. Mais cela ne restera qu’une impression, une probabilité très forte que des cas de Covid-19 n’ont pas été diagnostiqués, ni même suspectés, et qui ont guéris spontanément.  » Des hypothèses invérifiables. Sur ces patients, aucune prise de sang, aucun frottis ni test n’a été pratiqué.  » En médecine générale, on ne réalise évidemment pas ce type d’examens pour une banale grippe.  »

Pour Simon Dellicour, cela démontre tout simplement avec quelle facilité le virus s’est logé en Belgique. Du coup,  » si on ouvre une frontière avec un pays où le virus circule encore activement, cela nous permet d’avoir une idée générale de la vitesse à laquelle des chaînes de transmission pourraient être réintroduites sur notre territoire « . D’où un appel à une extrême prudence.

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